本殿は、稲荷大神を祀る主要な社殿で、1499年に再建されました。建築様式は「流造」と呼ばれ、檜皮葺の屋根が特徴的です。流造は日本の神社建築において一般的なスタイルで、屋根が長く伸びているため、雨水が境内に溜まりにくい設計となっています。本殿の前には内拝殿と外拝殿があり、参拝者はここで祈りを捧げます。内拝殿は直接神前に立つことができる場所で、外拝殿は祭礼などの行事が行われる広いスペースです。これらの構造により、多くの参拝者が一度に訪れてもスムーズに参拝できるようになっています。建築は、安土桃山時代の華やかな装飾と意匠が施されており、その豪華な造りは見る者を魅了します。特に柱や梁の装飾は非常に精緻で、職人技の粋が集められています。この豪華な造りが、本殿を重要文化財に指定する要因の一つとなっています。