南禅院は、臨済宗南禅寺派の寺院で、南禅寺の塔頭の一つです。南禅寺発祥の地とされ、亀山天皇が離宮「禅林寺殿」を建立した場所として知られています。 文永元年（1264年）、亀山天皇はこの地に離宮「禅林寺殿」を建設しました。その後、正応2年（1289年）に天皇はこの離宮で出家し、法皇となりました。離宮は禅寺として寄進され、大明国師を開山として南禅寺が創建されました。南禅院はその離宮の遺跡であり、南禅寺の発祥地とされています。 現在の方丈（本堂）は、元禄16年（1703年）に徳川綱吉の母、桂昌院の寄進により再建されたものです。総檜造りの入母屋造で、こけら葺きの屋根を持っています。内陣中央には亀山法皇の木造（重要文化財）が安置され、襖絵は狩野養朴とその子、如川隋川による水墨画が描かれています。