亀山法皇廟所は、庭園の東南隅に建つ廟で、亀山法皇の遺言により分骨された遺骨が埋葬されている。現在は宮内庁の管理となっている。文久の修陵で行われた天皇陵の修繕事業の際には、当廟所は西本願寺の資金で修復された。